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PCR反应总结

1. dNTP终浓度200μM足矣,过高(>4mM)会对扩增反应产生抑制。一般,dNTP产品包装的浓度是10mM(dATP、dCTP、dTTP、dGTP各2.5mM),因此,50μL的反应体系中加入1ul dNTP即可。

2. 扩增体系中模板的量不宜过多,否则可能会出现目的条带弥散模糊。

3. Mg离子浓度过高会导致非特异性扩增,过低又会使聚合酶无法与模板结合。最优的Mg离子浓度需要摸索,不过,按照你自己的习惯和经验来就可以了。

 

Mg离子的作用:

Mg与dNTP以及DNA模板结合形成复合体,只有这种复合体才能被DNA聚合酶识别

注意事项:
镁离子的浓度取决于dNTP、PPi、EDTA等这些带负电荷的可以与Mg结合的物质的浓 度。所以镁离子的浓度一定要比这些物质的浓度高才可以。最适合的浓度应该是通过试验摸索获得的,基本上它应该介于1 mM到5 mM之间。最常用的比例是MgCl2浓度1.5 mM,每种dNTP浓度0.2 mM。过量的镁离子可能会引发非特异的复制起始,而量不足则容易会造成产率过低。

PCR-based gene synthesis to produce recombinant proteins for crystallization

引物的溶解方法

一、按照引物的OD数计算
    1. 引物溶解前先在离心机上离心片刻以防止粉末散失。
    2. 将引物浓度调整到50μmol/l (即50pmol/μl )所需加入的双蒸水:
    dH20(μl)=(OD×33/M.W.)×20000
    调整到20μmol/l所需加入的双蒸水:dH20(μl)=(OD×33/M.W.)×20000×2.5

二、按照引物的摩尔数计算
如果知道引物的摩尔数,则溶解时按照如下公式计算:
需加水量(ul)=(引物nmole数× 1000)/ 期望浓度uM

反向全长PCR引物设计方法

上游(5'-)引物:
引物序列与反义链相同,以正义链为模板进行反方向扩增,注意最终递交的引物(含扩展序列)方向应该要颠倒为5'->3'方向 (即采用了正义链的反向互补序列)

下游(3'-)引物:
引物序列与正义链相同,以反义链为模板进行正方向扩增。

一种挑取重组子克隆的简易方法-菌落PCR

经过体外DNA 重组以后, 都要通过挑取重组子克隆的方法将改变以后的DNA 序列固定下来。

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